養殖魚の肉体的・精神的な健康状態に対する懸念は、動物福祉に高い配慮を行う製品を支持する消費者と相反するものである。

このセクターは気候温暖化の影響を受けやすく、主要産地である東南アジアでは、海水温の上昇や海洋酸性化などの気候の影響により、2050年までに生産量が10～30％減少すると予測されています。

サーモンやエビの飼料には魚粉や魚油が含まれており、養殖産業は急速に枯渇する天然資源に依存することになる。養殖産業が長期的な拡大を続けるためには、代替原料の持続可能で安定供給が可能な供給源を見つけなければならない。

漁場の現場から毎年何百万匹もの魚が逃げ出し、在来種の海洋生物と混在しています。規制コストや関係企業への風評被害を招く危険性のある大きな問題です。2018年7月、Mowi（旧マリンハーベスト）は、嵐により10基の網棚が大きく破損し、340万ドルと69万匹以上の鮭を失いました。

漁場から排出される下水や排水は、有毒な藻類の発生や飲料水汚染のリスクと関連しています。2016年、藻の大発生によりチリのサケ産業に約8億ドルの損害が発生しました。

このセクターは、製品回収や訴訟問題につながる可能性のある食品の誤表示に対して脆弱である。ある自然保護団体は、米国で販売される水産物の3分の1が誤表示であると推定しています。カナダの水産物に焦点を当てた学術的な研究でも、同様の結果が観察されています。

世界銀行によると、魚病の発生によりサーモン養殖は年間約60億ドルの損失を被っています。すべてのサケ生産地はウミジラミの問題と戦っていますが、利用可能な解決策はサステナビリティにさらなる影響をもたらします。

特にアジアの水産業一般では、労働や人権侵害の事例がいくつもあり、規制や世論の反発にさらされています。

新たな養殖事業に反対する地元コミュニティが増えています。2018年、ワシントン州上院は、地元コミュニティからの抗議を受け、2025年までに州全体で外来魚の養殖を段階的に廃止することを決議しました。

養殖における抗生物質使用の乱用は、薬剤剤耐菌（AMR）を加速させ、輸出リスクを高めています。2019年1月、米国食品医薬品局（FDA）は、禁止されている抗生物質が検出されたため、インドのエビの出荷26件の輸入を拒否しました。